Фарзали Агамалиев родился 5 февраля 1936 года в селе Джомардли Сисианского района Армянской ССР.
В 1962 году окончил биологический факультет Азербайджанского государственного университета.
В 1968 году защитил кандидатскую диссертацию по теме «Бентические инфузории западного побережья Южного Каспия» .
С 1962 по 1978 год работал в институте зоологии АН Азербайджанской ССР.
В 1977 году защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора биологических наук по теме «Свободноживущие инфузории Каспийского моря» .
С 1979 и по сегодняшний день работает в должности заведующего кафедрой «Зоологии беспозвоночных» Бакинского государственного университета. Ведёт занятия по дисциплинам: «Зоология беспозвоночных» , «Протозоология» , «Местная фауна» , «Избранные главы зоологии беспозвоночных» .Владеет азербайджанским, турецким и русским языками.Семейное положение: женат, четверо детей. Агамалиев Фарзали — автор 130 научных работ, одной монографии, 4 — х книг и 5 — и методических указаний.Под его руководством защитились 4 кандидата наук.Учёным впервые были изучены инфузории Каспийского моря, выявлены 30 новых для науки видов.Область исследований ученого — Протозоология; Фауна и экология инфузорий Каспийского моря.Основные научные трудыНовые данные по фауне инфузорий микробентоса Северного Апшеронского залива и прилегающих островов Каспийского моря. Москва, Зоологический журнал т. 83, № 1, с. 5-12, 2004.Биологическая очистка воды с антропогенными загрязнениями. Вестник Бакинского Университета, Серия естественных наук, № 1, с. 48-52, 2004.Выяснение роли прилежащих тел (Corpora allata) в регуляции количественных фотопериодических реакций у моноволтинной расы тутового шелкоприяда «Юбилейная» . Вестник Бакинского Университета, Серия естественных наук, № 3, с. 78-84, 2004.Фауна и развития инфузорий в Сумгаитской очистительных сооружениях. Вестник АПУ, № 4, с. 195—197, 2005.Фауна и экология инфузорий Каспийского моря. Баку, Конгресс «Energy, Ecology, Ekolomy» , с. 321—323,2005.Инфузории микробентоса опрененных заливов (лиманов) Каспийского моря. Вестник Бакинского Университета, Серия естественных наук, № 4, с. 58-61, 2004.Изучение микро- макрофауны обрастаний Апшеронского побережья Каспия. Баку, Труды Зоологического Института, том XXVIII, с. 60-66, 2006.Инфузории обрастаний опресненных заливов Каспийского моря. Вестник БГУ, № 3, с. 42-46, 2007.Биоценозы Северного Апшеронского залива. Баку, Труды Зоологического Института, Т I, с. 395—400, 2008.Книги«Инфузории Каспийского моря» . Монография, 1983.«Вода, металл и биологическое обрастание» . с. 148, 1988.«Основы сравнительной анатомии беспозвоночных» . Учебное пособие, 2002.«Зоология беспозвоночных» . Учебно-методическое пособие, 2003.«Практикум по зоологии беспозвоночных» . Учебное пособие, 2004.