Жанна Агалакова родилась 6 декабря 1965 года в Кирове. Папа — инженер, мама — преподаватель русского языка и литературы. Брат — Михаил, компьютерщик.
С 1979 по 1983 год жила с родителями в Монголии.
В детстве мечтала стать следователем, композитором, архитектором, воспитателем и переводчиком, а также выступать в цирке. Потом поняла, что все эти профессии можно совместить в журналистике.Свою карьеру Агалакова начинала секретарём главного редактора кировской газеты «Комсомольское племя» . «Путёвку в жизнь» ей дал Василий Васильевич Смирнов, который тогда был главным редактором этой газеты. Сразу после окончания школы Жанна провалила вступительные экзамены на филологический факультет ЛГУ и ей нужно было куда-то пойти работать на один год.
В это время в местной газете «Комсомольское племя» освободилось место секретаря и друзья её родителей предложили главному редактору её кандидатуру. После длительной беседы с неопытной рыжеволосой веснушчатой девчонкой Смирнов принял её на работу.
В газете Агалакова была не только секретарём, но и рисовала ноты — в рубрику «Музыкальный киоск» . А вскоре написала и первую заметку.
В 1991 году Агалакова окончила газетное отделение факультета журналистики Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова (МГУ). Студенческую практику проходила в популярной телепрограмме «Взгляд» на телеканале ОРТ. После университета Агалакова полтора года работала на телестудии МВД СССР в должности корреспондента. Делала сюжеты для программы «Человек и закон» . Затем год трудилась пресс-атташе Международной ассоциации по борьбе с наркоманией и наркобизнесом. Позже, по словам Жанны, она «какое-то время была „свободным художником“ — писала статьи куда только возможно, переживала, когда их не печатали» .
С 1992 года — корреспондент отдела светской хроники РИА «Новости» .По-настоящему Агалакова почувствовала профессию тележурналиста, попав в 1995 году на информационный канал «Деловая Россия» телеканала «РТР» под руководством Александра Акопова: пришлось оперативно осваивать темы, о которых прежде не имела никакого представления. Первой её работой стали два десятиминутных репортажа о ядерном топливе. Вскоре Агалакова была замечена «гуру отечественного телевидения» Игорем Кирилловым, который предложил ей попробовать себя в новом качестве — телеведущей.
В 1996 году Агалакову пригласили вести утреннюю информационную программу «Сегодня» на телеканале НТВ. Три года, отданные этой телекомпании, Жанна до сих пор считает высшей школой журналистики.
В 1998 году в составе команды НТВ участвовала в русской версии телеигры «Форт Боярд» .
В октябре 1999 года Агалакова была отстранена от ведения программы «Сегодня» по инициативе главного редактора Службы информации НТВ Владимира Кулистикова за неправильно названное количество людей, погибших после теракта.
В октябре 1999 года Агалакова была принята на телеканал ОРТ (с сентября 2002 года — «Первый канал» ). Вела дневные и вечерние выпуски программы «Новости» , а также программу «Время» .
В мае 2000 года Агалакова оглашала результаты голосования российского профессионального жюри на конкурсе песни «Евровидение-2000» , проходившем в Стокгольме.C 2000 по 2002 год вместе с Владимиром Познером Агалакова вела на «Первом канале» программу «Времена» , которая неоднократно становилась лауреатом премии ТЭФИ.
В прямом эфире прошла через «огонь и воду» : теракты 11 сентября 2001, начало войны в Афганистане, теракт в Беслане, отставка Б. Н. Ельцина, президентские выборы и т. д.
С сентября 2005 года — собственный корреспондент «Первого канала» в Париже.C января 2013 года — специальный корреспондент «Первого канала» в Нью-Йорке.