Родился в 1911 году в Александрополе (ныне Гюмри).
В 1917 году переехал в Тифлис, там же получил среднее образование.
В 1928 году окончил тбилисскую школу № 42.
С 1931 года проживал в Ереване, тогда же поступил на архитектурное отделение строительного факультета Ереванского политехнического института, который в 1937 году с отличием завершил.
В 1937—1939 годах проходил военную службу.Трудовую деятельность начал ещё будучи студентом, работал под руководством Николая Гавриловича Буниятяна.
В 1941 году был призван в ряды Красной Армии, участвовал в Великой Отечественной войне.
В 1942 году был отозван со фронта по ходатайству Академии архитектуры СССР, занялся изучением и обмерами памятников древнеармянского зодчества.
В 1945 году проходит персональная выставка работ Агабабяна в Союзе архитекторов Армении.
В 1947—1951 годах работал заместителем главного архитектора Еревана, преподавал на кафедре архитектуры Ереванского политехнического института.
В 1949 году был избран секретарем правления Союза архитекторов Армении.
В 1951—1959 годах работал главным архитектором Еревана.
В 1957 году избран членом-корреспондентом Академии архитектуры и строительства СССР.
С 1959 года и до конца жизни работал председателем Государственного комитета по делам строительства и архитектуры Армянской ССР.Скончался 9 октября 1977 года в Горисе.