Родился в мещанской семье. Из-за отсутствия средств, вынужден был оставить церковно-приходскую школу. Занимался самообразованием и экстерном сдал все экзамены за полный курс Балашовской мужской гимназии.
С 1897 по 1901 обучался на факультете естествознания Санкт-Петербургского университета, уже весной 1902 года защитил кандидатскую диссертацию. После чего был оставлен преподавателем Высших женских (Голицынских) сельскохозяйственных курсов в Москве.Участник восстания 1905 года на Красной Пресне в Москве.
В 1905—1914 Я. Н. Афанасьев занимался исследованием почв в Черниговской, Полтавской, Калужской и других губерниях Российской империи, проводил аналитическую обработку проб, знакомился с хозяйственной деятельностью различных регионов России, тем самым заложил основы будущих научных концепций.После революции 1917 года входил в комиссию по изучению производительных сил страны, стал профессором Московского межевого института.
С 1921 работал в Белоруссии. Был заведующим кафедрой почвоведения Горыгорецкого земледельческого института, преобразованного в 1925 в Белорусскую сельскохозяйственную академию.
В 1928 году избран академиком Белорусской Академии наук.
В 1931 году назначен первым директором НИИ агропочвоведения и удобрений БССР.
На этом посту в 1931—1937 гг. руководил всеми почвенными и агрохимическими исследованиями в республике. По его инициативе была создана кафедра почвоведения в Белорусском государственном университете. Побывал в научных командировках в Чехословакии и Польше, участвовал в международных конгрессах почвоведов в Вашингтоне (1927) и Ленинграде (1930).
В августе 1937 был арестован. По обвинения в националистической, контрреволюционной и террористической деятельности приговорен к расстрелу.Реабилитирован посмертно в 1957 году. Проводил исследования почв, составил первую почвенную карту Белорусской ССР.
В своих исследованиях Афанасьев уделял большое внимание решению практических вопросов развития сельскохозяйственного производства.Автор трудов по вопросам повышения урожайности в различных почвенных районах Беларуси, борьбы с избыточной влажностью в почвах.Новатор. Был основоположником учения о биологическом и минеральном происхождении заболоченных почв и необходимости различного их мелиорирования. Спустя десятилетия эти идеи Афанасьева вернулись в страну под именами иностранных ученых.Опубликовал более 30 научных работ, в том числе 4 монографии.
Карта сайта
