Закончил абаканскую среднюю школу № 12 в 1991 году. Получил в СПТУ № 32 города Абакана специальность электрика.
В 1996 году решил бороться с распространением наркотиков, пришел в газету, по просьбе редактора написал заметку. Постепенно стал журналистом-расследователем.
В различных газетах и на сайтах публиковал материалы о наркотрафике, незаконной добыче золота, вип-браконьерстве.10 декабря 2004 года жюри премии имени А. Д. Сахарова «За журналистику как поступок» , по итогам конкурса, признало победителем журналиста из Хакасии.9 мая 2005 года основал собственный интернет-журнал «Новый Фокус» . Широкий резонанс получили материалы, посвященные аварии на Саяно-Шушенской ГЭС 17 августа 2009 года.
В 2009 году его деятельность была отмечена Дипломом премии имени А. Д. Сахарова «За журналистику как поступок» .
В 2010 году награждён Дипломом Союза журналистов России «За профессиональное мастерство» .По мнению секретаря СЖ России, Михаил Афанасьев является уникальным журналистом в мире по количеству оправдательных приговоров суда в связи с профессиональной деятельностью.
В 2013 году шведский Клуб по защите прав журналистов (старейшее объединение в Европе, действует с 1874 года) избрал победителем премии иностранца — журналиста из России Михаила Афанасьева.Проживает в Абакане, в Хакасии.Примечания Журналист Афанасьев: «Мне просто не за что оправдываться» / Русская редакция «Голоса Америки» . Никитинский Леонид Сибирь, Хакасия, Фатерлянд. — Новая газета. — 2014. — 28 февраля Впервые шведской премией награждён российский журналист. Им стал Михаил Афанасьев из Хакасии Архивировано 5 марта 2016 года. / Сайт СЖ России