Гвидо Адлер родился в еврейской семье в местечке Айбеншюц (ныне Ivancice), был одним из шести детей. Отец Адлера был врачом (скоропостижно скончался в 1857 году). Мать, вместе с детьми, была вынуждена покинуть родные места. Семья смогла существовать только благодаря помощи одной из благотворительных организаций, которая также способствовала поступлению Гвидо в Венский университет.
В университете Адлер защитил диссертацию по юриспруденции (1878) и дважды по музыкознанию: в 1880 году по истории церковной музыки и в 1881 году по истории гармонии. Учился и в Венской консерватории, в том числе у Брукнера.Гвидо Адлер преподавал музыковедческие дисциплины с 1885 года в пражском Немецком университете.
С 1889 года работал профессором теории и истории музыки в Венском университете, в числе его известных учеников А. Найденов.
В 1898 году он основал Институт музыковедения при Венском университете, который сам и возглавлял вплоть до 1927 года. Адлер стал и одним из учредителей Международного общества музыковедения основанного в 1927 году.
В 1930-е годы подвергся антисемитским нападкам, был исключён из Gesellschaft der Musikfreunde, лишён почётного членства в Staatstheater- und Buhnenakademie.Скончался Гвидо Адлер 15 февраля 1941 года в Вене. Его дочь, Мелани Каролина Адлер (Melanie Karoline Adler), была в 1942 году депортирована в Минск и убита 26 мая в концентрационном лагере Малый Тростенец.