Хан родился в пуштунской семье в городе Бхопал в штате Мадхья-Прадеш в Индии в 1936 году. После раздела Индии, когда мальчику было 11 лет, его семья перебралась в Пакистан.ОбразованиеУчился в школе Св. Антония в Лахоре, затем в колледже Дайарама Джетмала в Карачи, специализируясь на физике и математике.
В 1960 году получил диплом бакалавра Университета Карачи по специальности металловедение.
В 1961 году Хан уехал в ФРГ для изучения металлургии в техническом университете и в 1967 году получает диплом инженера-металлурга, а в 1972 году стал доктором наук. Свободно владея немецким языком, свою докторскую диссертацию Хан написал по-немецки.РаботаПосле защиты диссертации устроился работать в физической лаборатории в Амстердаме, которая являлась подрядчиком компании URENCO, совместно созданной Западной Германией, Великобританией и Голландией для проведения строго секретных работ по обогащению урана.