Эмильбек Абакиров родился в селе Ак-Кудук Кочкорского района (ныне входит в состав Нарынской области) Киргизии. По национальности киргиз. После окончания школы являлся рабочим совхоза «Шамси» , племхоза «Кегеты» , счетоводом Каратюбинского сельпо Чуйского района. Обучался во Фрунзенском кооперативном техникуме, затем на историческом факультете Киргизского государственного университета. Окончил последний с отличаем в 1953 г. После чего работал преподавателем и секретарем комитета комсомола Ошского пединститута.
В дальнейшем Э.Абакиров был избран секретарем по пропаганде и агитации Ошского обкома комсомола.
С 1960 г. работал в обкоме партии. Весной 1970 г. избран 1-м секретарем Ошского горкома партии.
Но через полтора года Абакиров переведен на должность первого заместителя заведующего отделом оргпартработы ЦК Компартии Киргизии.
В декабре 1973 года избран председателем Киргизского республиканского совета профсоюзов.
На этом посту работал до октября 1995 г.
В дальнейшем работал заместителем генерального директора отеля «Достук» , с 2007 г. советником генерального директора этого же отеля.Избирался делегатом XXV съезда КПСС (1976).
В 1989 г. избран народным депутатом СССР от профессиональных союзов. Являлся членом Комиссии Совета Национальностей по национальной политике и межнациональным отношениям.Награждён почетной грамотой Кыргызской Республики (24.05.1995). 17 марта 2009 г. Президент Киргизстана Курманбек Бакиев наградил Э.Абакирова орденом «Манас» III степени.