Магдалена Абаканович родилась в помещичьей семье. Её мать, Хелена Домашевская, принадлежала к старому польскому роду. Отец, Константин Абаканович — польско-литовский татарин, бежал из России в Польшу после Октябрьской революции.
В 1920 году из-за военных действий семья переехала в Гданьск. Во время Второй мировой войны Абакановичи жили на варшавской окраине. После войны они переехали в небольшой город Тчев на севере Польши недалеко Гданьска.
В юности Магдалена занималась лёгкой атлетикой. Выступала за клубы: Baltyku Gdynia (1946), Wybrzeza Gdansk — HKS Tczew (1947—1948) и Gedanii Gdansk. Трехкратная медалистка чемпионатов страны в беге: золото в 1947 году в эстафете 100-100-200-500 метров, серебро в 1947 году в эстафете 200-100-80-60 м и в 1948 в эстафете 4 200 метров. Двукратная бронзовая медалистка зимнего чемпионата Польши (1948): в беге на 50 метров с барьерами и в эстафете 4 x 50 метров.
В 1950—1954 годах училась в варшавской Академии изящных искусств. Получила диплом магистра. Училась также в гданьской Академии изящных искусств.
С 1965 по 1990 год работала преподавателем Высшей государственной Школы изящных искусств в Познани.
С 1979 года профессор Познанского университета искусств.
С 2006 — член Программного Совета Фонда Центр Народного Творчества.
В 1999 году отмечена Leonardo da Vinci World Award of Arts[en].