В 1902 году закончил немецкоязычную гимназию в Курессааре.
В 1902—1903 годах учился в Тартуском университете.
В 1903—1905 годах обучается в Нежинском историко-филологическом институте на Украине, в 1910 году поступил в докторантуру университета Хельсинки. Был членом организации «Молодая Эстония» .
В 1926—1933 годах преподавал в Тартуском университете.
В 1934 году был назначен инспектором народных училищ.Аавик стал автором уникального эксперимента по радикальному обновлению эстонского языка, который коснулся даже его грамматической основы.
Он разработал упрощенную структуру предложений в эстонском языке, а также предложил ряд новых корней слов, которые заимствовал из эстонских и финских диалектов, исходя из ассоциативности звуков и смысловых значений. Вместе с поэтом и переводчиком Виллемом Ридалой сумел внедрить в современный эстонский язык свыше 300 новых слов.
К числу наиболее широко используемых грамматических изобретений Аавика относится, например, краткая форма превосходной степени имён прилагательных.Работу по реорганизации эстонского языка продолжил и после 1944 года в эмиграции в Швеции, где издал атлас диалектов эстонского языка, концептуальный словарь, этимологический словарь и другие труды.
На острове Сааремаа в городе Курессааре открыт мемориальный музей Йоханнеса Аавика.