15 ноября 1988 года приказом МВД СССР было организовано 6-е управление МВД СССР. Сегодня эта дата считается День создания подразделений по борьбе с организованной преступностью в России.
В феврале 1991 года 6-е управление было преобразовано в Главное управление по борьбе с наиболее опасными преступлениями, организованной преступностью, коррупцией и наркобизнесом. Еще через год было создано Главное управление по организованной преступностиМВД России.
В 1999-2004 годах — Главное управление по борьбе с организованной преступностью, с 2004 года — это Департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом МВД России, который в 2008 году в результате реформирования в системе МВД было преобразован в Главное управление по противодействию экстремизму Министерства внутренних дел Российской Федерации (ГУПЭ МВД России). В настоящее время ГУПЭ МВД РФ — самостоятельное структурное подразделение полиции, оно входит в центральный аппарат МВД России, являясь головным оперативным подразделением Министерства в сфере противодействия экстремистской деятельности и терроризму.
В пределах своей компетенции данное Управление осуществляет функции по выработке и реализации государственной политики и нормативному правовому регулированию, а также правоприменительные полномочия в области противодействия экстремистской деятельности и терроризму.
В настоящее время ГУПЭ МВД РФ - самостоятельное структурное подразделение полиции