Удостоверение сотрудника «Смерш» 19 апреля 1943 года Постановлением Совнаркома СССР Управление особых отделов и Морской отдел были изъяты из ведения НКВД.
На их базе образовывались Главное управление контрразведки НКО «Смерш» («Смерть шпионам» ) и, несколько позднее, Управление контрразведки «Смерш» Наркомата ВМФ.Решение о создании Главного управления контрразведки «Смерш» вытекало из сложившейся к тому времени обстановки на советско-германском фронте.
В это время Московская битва сорвала план «молниеносной войны» . Из рук противника под Сталинградом была вырвана стратегическая инициатива.Но при этом германским спецслужбам еще не был нанесен смертельный удар. Потому на решающем этапе войны было решено объединить руководство двумя важными сферами – обороной страны и безопасностью войск.
На органы «Смерша» в данной ситуации были возложены задачи по борьбе со шпионской, диверсионной, террористической деятельностью иностранных разведок, борьбе с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии, дезертирством и членовредительством на фронтах.
В военной контрразведке состояло несколько тысяч человек.За годы войны членами «Смерш» было обезврежено более 30 тысяч шпионов, около трех с половиной тысяч диверсантов и свыше шести тысяч террористов. Военная контрразведка достойно выполнила все возложенные на нее задачи.
В некоторых современных источниках утверждается, что, кроме очевидных успехов в борьбе против немецкой разведки, «Смерш» приобрел в годы войны зловещую славу благодаря системе репрессий против мирного населения, которое находилось в оккупации на временно захваченной немецкими войсками территории СССР или на принудительных работах в Германии.
Но репутация «Смерш» как репрессивного органа часто преувеличивается в современных источниках. Никакого отношения к преследованию мирного населения «Смерш» не имело. За работу с населением отвечали территориальные органы НКВД-НКГБ.
В мае 1946 года в результате реформы, проходившей в наркоматах госбезопасности и внутренних дел, органы контрразведки «Смерш» были реорганизованы в особые отделы и переданы в ведение новой структуры - Министерства государственной безопасности СССР.