Мариан Водзинский родился 8 мая 1911 года в Тарнуве. Отец — Владыслав Эмилиан (1878—1947), был заведующим I-й Казначейской Кассы (польск. I Kasa Skarbowa) в Кракове. Мать — Розалия, урождённая Русинек (1882—1979). Имел брата Станислава. Род Водзинских относится к гербу Ястржембец.Закончил Медицинский факультет Ягеллонского университета в 1936 году и работал в краковском высшем учебном заведении на кафедре патологической анатомии у профессора Станислава Цехановского. Там также получил степень доктора, примерно соответствующую кандидату медицинских наук. Затем был ассистентом на кафедре судебной медицины у профессора Яна Ольбрихта.
С марта 1940 года состоял в ZWZ, а с 1943 года в АК.
В апреле 1943 года, после обнаружения немцами катынских могил, был назначен Польским Красным Крестом судебным экспертом в состав комиссии для исследования места преступления. Комиссия работала в Катыни в течение 5 недель. О своей работе Водзинский составил рапорт. Во время эксгумации нашёл, помимо других, останки майора доктора Виктора Калицинского. Калицинский был легионером, врачом маршала Юзефа Пилсудского и родственником свояченицы Мариана Водзинского Кристины из рода Дрезинских. Передал семье найденные на убитом письма.