Эрнст Виндиш родился в Лейпциге в семье учителя Луиса В. Виндиша и его жены Каролины Ламм.
В 1857—1863 годах посещал школу в Дрездене, в 1867 году окончил Лейпцигский университет (языкознание, классическая филология). Получил степень доктора филологии по классической филологии за диссертацию De hymnis homericis maioribus («Об основных гомеровских гимнах» ).
В 1867—1870 работал преподавателем в лейпцигской школе Святого Фомы.
В это время он подготовил хабилитационную диссертацию «Изыскания о происхождении относительного местоимения в индоевропейских языках» .
В 1870—1871 работал в Лондоне, где принимал участие в каталогизации санскритских рукописей в библиотеке британской Индийской администрации и изучал кельтские языки.
В 1871-м вернулся в Лейпциг, где стал профессором.
В 1872 году Виндиш получил должность профессора сравнительного языкознания в Университете Гейдельберга.
С 1875 — профессор Страсбургского университета, с 1877 по 1918 — профессор санскрита в Лейпциге.
С 1883 года Виндиш являлся членом Саксонского королевского общества наук, был также членом-корреспондентом Баварской академии наук, и Французского института, почётным членом Ирландской королевской академии, кавалером королевского саксонского ордена «За заслуги» . Виндиш был известен не только как санскритолог и лингвист, но и как специалист в области сравнительного языкознания. Был другом Фридриха Ницше.Жена — Берта Рошер, дочь экономиста В. Г. Ф. Рошера; пятеро детей (Вильгельм, Хелена, Германн, Ганс и Карл).