Родился в Граце, изучал естественные науки в Грацском университете. Семья Видмаштеттенов имела монополию на полиграфию в провинции Штирия, но утратила её в 1784 году. Алоиз унаследовал от отца типографию, которой успешно руководил до 1807 года.После первых запусков воздушного шара братьев Монгольфье, Видманштеттен проводил в Вене опыты с воздушными шарами, которые поднимались на высоту 200 метров, но углубляться в воздухоплавание не стал.Ещё в 1804 году Алоиз был назначен управляющим прядильной фабрикой в Поттендорфе[de], а в 1807 году продал типографию и, по настоянию императора Франца I, стал директором императорского Кабинета промышленных изделий (нем. k.k. Fabriksprodukten-Kabinett) — коллекции промышленных изделий, положившей начало Венскому техническому музею[de]. Fabriksprodukten-Kabinett первоначально располагался во дворце Хофбург, а затем был перемещён во дворец Sprintzenstein во Внутреннем Городе.
На этой выставке были представлены товары, производившиеся промышленностью Австрийской империи с самого начала промышленного производства. При рассмотрении вопроса о переносе коллекции Кабинета промышленных изделий в новое здание, Видманштеттен познакомился с зоологом Карлом фон Шрайберсом, который занимал аналогичную должность — директора императорского Кабинета естествознания (de: K.k. Hof-Naturalienkabinette).
В собрании Кабинета естествознания имелась богатая коллекция минералов, включавшая также метеориты. А.Видманштеттен заинтересовался метеоритами и начал проводить эксперименты с железо-никелевыми метеоритами, в частности, с Храшчинским метеоритом, в ходе которых обнаружил в метеоритах характерный рисунок пластинчатой структуры. Впоследствии Видманштеттен сделал типографские отпечатки рисунков этих структур, но результаты своего открытия не опубликовал в печати. Тем не менее, его коллега и друг К.Шрайберс в своих публикациях назвал открытые структуры в честь Видманштеттена — Widmanstattensche Figuren.Независимо от Видманштеттена, эти структуры обнаружил английский геолог Томсон, когда погружал метеорит Палласово железо в азотную кислоту с целью удаления ржавчины.
В 1804 году он опубликовал своё открытие на французском языке в Bibliotheque Britannique.
В 1814 году экспонаты Кабинета промышленных изделий были размещены в Венском политехническом институте (предшественнике Венского технического университета). А.Видманштеттену было предложено стать профессором политехнического института, но он отклонил это предложение.
В 1817 году Алоиз фон Видманштеттен вышел в отставку. При жизни избегал фотографирования, в силу чего его фотографий не существует. Скончался в 1849 году, похоронен в Вене.
В его честь названы: Видманштеттенова структура метеоритов;лунный кратер(21564) Видманштеттен[fr] — астероид Главного пояса, открытый в 1998 году.