Жан-Мари родился в деревне Дардийи около Лиона. Время его детства пришлось на французскую революцию, во время якобинского террора и подавления Лионского восстания 1793 года (фр.)русск. священники преследовались, церкви были закрыты, совершение служб было запрещено, верующие были вынуждены собираться на молитву тайно и молиться в амбарах. Жан-Мари с детства мечтал стать священником и в 1804 г. смог поступить в семинарию в Лионе.
Он был плохим студентом, не успевал по философии и латыни, был отчислен из семинарии, принят вновь, но снова провалил экзамены.
В конце концов в 1815 г. он был рукоположен после 11 лет обучения.После рукоположения вначале его назначили викарием небольшого прихода в городке Экюлли. После смерти настоятеля он был назначен настоятелем прихода в деревушку Арс и был им до самой смерти.Несмотря на малообразованность и отсутствие ярких дарований вскоре он стал очень известен сначала в округе, а потом и по всей стране. Самоотверженная работа в приходе, суровейшая аскеза, яркие проповеди, и, главное, большое количество духовных обращений закоренелых грешников после бесед с Арским пастырем привлекли к нему внимание.
В 1827 г. к нему приходило около 20 паломников ежедневно, а в последние годы жизни их было около ста тысяч в год.
В конце концов власти были вынуждены открыть специальную железнодорожную ветку Лион — Арс для паломников. Жан-Мари Вианнея начали называть «узником исповедальни» .
В последние двадцать лет своей жизни он проводил в исповедальне в среднем 17 часов в день, начиная исповедовать летом с часа или двух часов ночи, а зимой — с четырёх утра и до позднего вечера и, несмотря на это, ждать своей очереди на исповедь к нему порой приходилось неделю.