Родился 13 февраля 1805 года в городе Париж.Получил юридическое образование.
В 1833 году поступил на службу в Министерство юстиции Франции. У увлёкся геологией, прослушав курс лекций Л. Эли де Бомона.
С 1835 года начал самостоятельные исследования. Начал свои работы в одном геологических мест в Уэльсе. Изучал горные породы и ископаемую фауну палеозоя, которой посвятил всю последующую жизнь.Исследования в РоссииВ 1836 году Вернёй отправился в путешествие по Восточной Европе, чтобы сравнить собранные в Уэльсе материалы с новыми, добытыми в путешествии. Вниз по Дунаю спустился в Турцию, через Молдавию и Бессарабию попал в Одессу и затем в Крым. Филипп де Вернёй стал одним из первых, кто описал третичные отложения Крыма.
В 1839 году вместе с учёными сэром Р. Мэрчисоном и А. Седжвиком совершил поездку по Рейнской области.
В 1840 году вместе с другим учёным — А. К. Мейендорфом, совершил вторую поездку в Россию. Прибыв в Санкт-Петербург, Мэрчисон и Вернёй заручились поддержкой правительства России и в первую очередь министра финансов — Е. Ф. Канкрина и путешествовали по северу России, затем осмотрели окрестности Москвы, Новгорода, Рязани, Костромы и других мест центральной России.
В 1841 году Мэрчисон и Вернёй отправились во второе совместное путешествие по России вместе с А. А. Кейзерлингом и Н. И. Кокшаровым.
В этот раз они изучили Подмосковный угольный бассейн, совершили поездку по Волге до Казани через Владимир и Нижний Новгород. Несколько раз пересекли Уральский хребет, где в районе Перми Родерик Мэрчисон обнаружил неизвестные ранее ископаемые остатки. Филипп де Вернёй подробно изучил фауну этих мест и подтвердил открытие новой системы, которую вместе с Мэрчисоном решили назвать «пермской» .
В 1845 году вышла двухтомная монография Р. Мэрчисона, Э. Вернёя и А. Кейзерлинга «The geology of Russia in Europe and the Ural mountains» , которая в 1846—1848 годах в переводе и с дополнениями А. Д. Озерского была опубликовалана в 14 номерах «Горного журнала» , а в 1849 году вышла отдельным изданием — «Геологическое описание Европейской России и хребта Уральского» . Этот труд был первой сводкой по геологии России и в течение многих лет служил руководством для русских геологов.
С 1847 года Филипп де Вернёй состоял членом Императорского минералогического общества в Санкт-Петербурге, а в 1867 году был избран его почетным членом.
В 1856 году он был избран членом-корреспондентом Императорской Санкт-Петербургской академии наук. Ещё долго французский учёный поддерживал научные контакты с коллегами из России.Путешествие в СШАВ 1846 году он совершил путешествие по Соединенным Штатам Америки, где исследования Вернёя подтвердили сходство палеозойских отложений Европы и Америки.Работы в ЕвропеЕщё в 1844 году Вернёй начал работать с палеонтологическим материалом из Испании, привезённым другими учёными.
В 1849—1862 годах неоднократно приезжал на Пиренеи, где проводил геологические исследования в Испании и Португалии вместе с Эдуардом Коломбом.
В 1847 году изучал Силурийский период Богемии, в 1858—1864 годах несколько раз побывал на Везувии и на вулкане Санторин (вулкан) одноимённого острова.Трижды был избран президентом Геологического общества Франции (1840, 1853, 1867).Умер 29 мая 1873 года в городе Париж.