Родился 24 апреля 1846 года в селе Бильче (теперь Бильче-Золотое Борщевского района Тернопольской области).
В 1848 году умер его отец и мать осталась с четырьмя детьми. Впоследствии она переехала во Львов и здесь И. Верхратский поступил в школу, а позже — в гимназию.
В 1868 окончил философский факультет Львовского университета, позже курс природоведения в Краковском университете (1874). Преподавал естествознание в украинских гимназиях Дрогобыча (среди его учеником был Иван Франко), Станислава и Львова.Занимался исследованием юго-западных украинских говоров и диалектов.Большое внимание уделял изучению лемковского фольклора в Словакии.
В 1897 и 1899 годах совершил туда научные поездки.Первая работа, посвящённая фольклору лемков южных склонов Карпат — «Гоя Дюндя и собиткы на Венгерской Руси» (1899), в которой дано описание основных календарных обычаев, сопровождавшихся весенними песнями (сeла Вапенник, Петрина, Дрично, Збойные). Обряд собиток записан в с. Бодружал. Богатый материал, охватывающий 36 сел Лабирщины, Бардиевщины и Спиша, изложил в монографии «Знадоби к познанию венгерско-русских говоров» (1901).Говору лемков северных склонов Карпат он посвятил монографию «Про говор галицких лемков» (Львов, 1902), ставшую монументальной работой в этой области, не потерявшей поныне научной ценности. Книга состоит из введения «Грамматика» , «Примеров беседы галицких лемков» , куда входят рассказы и поговорки из разных сeл, загадки, пословицы, песни и «Словаря» .Был действительным членом Научного общества им. Шевченко во Львове и первым председателем его математическо-естественно-медицинской секции.Верхратский — основоположник украинской научной терминологии по естествознанию.
В 1880 году издавал журнал «Денница» .Умер 29 ноября 1919 года. Похоронен на Лычаковском кладбище во Львове.