Из дворян. Окончил Павловское военное училище. Позднее окончил Археологический институт. Служил в армии, в 1905 году в чине капитана лейб-гвардии Финляндского полка вышел в отставку, с 1910 г. посвятил себя литературной и научной деятельности.Производил много раскопок.Активный член Центрального бюро краеведения, руководитель его природоохранной комиссии, Всесоюзного географического общества, ВООП (ныне Всероссийское общество охраны памятников истории и культуры), Общества распространения естественно-исторического образования, Ленинградского общества изучения местного края, заместитель председателя Ленинградского областного общества натуралистов, Северо-Западного бюро краеведения, Бюро краеведения Ленинградской области.Принимал участие в различных краеведческих и природоохранных съездах.
В 1927 году на 1-м краеведческом съезде Северо-Западной области сделал доклад «Роль школы в охране природы» , на 1-м Всероссийском съезде по охране природы — «Охрана природы и краеведение» , на 1-м Всероссийском съезде любителей мироведения — о роли любителя в сохранении промысловых богатств России.Как специалист в области живой природы, с 1929 года работал в Межведомственной комиссии Ленинградской области по охране природы, с 1932 г. — заведующий отделом звероводства и охоты Ленинградского отделения Института животноводства, с 1935 г. — начальник просветительского сектора Ботанического института АН.П. Е. Васильковский инициатор издания ежеквартального периодического природоохранного сборника в СССР, а также ведении раздела «Охрана природы» в журнале «Краеведение» .
С 1927 г. до запрета журнала, вел эту рубрику.После убийства Кирова в числе представителей «старой» интеллигенции, как бывший дворянин и офицер, был выселен в марте 1935 г. с семьей из Ленинграда в г. Атбасар Акмолинской области Казахстана.Работал лаборантом.
В марта 1938 г. был арестован Атбасарским РО НКВД. Обвинен в шпионской деятельности в пользу литовской и английской разведки, а также в связях с контрреволюционной группировкой.
На основании постановления НКВД СССР, протокол № 194, от 2 сентября 1938 г. профессор Васильковский П.Е был расстрелян, место его захоронения неизвестно.Реабилитирован 15.06.1989 г.