В. И. Варе родился 4 апреля 1923 г. в Эстонии, в селе Кядва, Кяруской волости, в Ярвамаа. Здесь же получил начальное образование.
С вхождением Эстонии в состав СССР в 1940 году вступил в ряды ВЛКСМ.Военную службу начал в июле 1941 года в составе народного ополчения (воевал в рядах 15-го Ярвамааского истребительного батальона в каутласских лесах).
В боях под Таллином был тяжело ранен.После выздоровления направлен в военное училище в Тюмень, по окончании которого воевал офицером на Брянском фронте. Принимал участие в боях на Орловско-Курской дуге, где получил вторичное ранение. Вылечившись в госпитале, с 1943 по 1945 г. занимался подготовкой кадров для Эстонского стрелкового корпуса.После войны короткое время служил в Ленинградском военном округе, после чего поступил в Военную академию имени М. В. Фрунзе. Закончив академию в 1950 г. с золотой медалью, находился на командных должностях в различных округах, затем в течение 20 лет работал в этой академии.
В 1960 г. защитил кандидатскую, в 1970 г. — докторскую диссертацию. За успешную преподавательскую деятельность в академии был отмечен двумя правительственными наградами.
В 1976 г. назначен начальником штаба гражданской обороны Эстонской ССР.
В 1977 г. В. И. Варе присвоено звани генерал-майора.
На этой должности находился до 1988 года. Одновременно с 1987 г. работал начальником штаба чернобыльской группировки войск.
В 1988—1991 гг. был научным сотрудником сектора периода истории социализма Института истории Академии наук ЭССР.Известен как публицист, опубликовавший около 100 статей на военно-исторические темы, автор нескольких книг. Его успешная деятельность была отмечена медалью имени Н.Вавилова — высшей наградой общества «Знание» .
В 1989—1991 гг. избирался народным депутатом СССР.
В 1991—1999 гг. работал советником министерства иностранных дел Эстонии.
В Эстонии В. И. Варе также известен как лингвист (ещё с 60-х гг.), составивший и издавший несколько словарей (эстонско-русский, эстонско-английский и др.).Скончался 19 октября 2007 г. в Таллине, где и похоронен.