Родилась в Вене в семье фабриканта.
В 1922 году окончила старшую школу для девочек Ассоциации дополнительного образования женщин. Поступила в Венский университете на философский факультет, посещала лекции по юриспруденции[к 1].
В 1924 году пропустила академический год по состоянию здоровья, а по возвращении в университет под влиянием Мариетты Блау переключилась на физику.Докторскую диссертацию о фотоэффекте радиоактивного излучения готовила под руководством Мариетты Блау, с которой продолжила сотрудничество в Институте радия Австрийской Академии наук и после защиты в 1932 году. Результатом их совместной деятельности стал фотографический метод обнаружения ионизирующих частиц. За эти методические разработки Блау и Вамбахер в 1937 году получили премию Либена.
В том же году Блау и Вамбахер совместно обнаружили «звёзды распада» , впоследствии названные звёздами Блау-Вамбахер (англ. Blau-Wambacher stars), на фотопластинках, которые были подвергнуты многомесячному воздействию космической радиации на высоте 2300 м над уровнем моря. Эти звезды являются траекториями частиц ядерных реакций между космическими лучами и ядрами атомов фотоэмульсии.Герта Вамбахер продолжила работу по идентификации частиц ядерных реакций в фотоэмульсии и после того, как в 1938 году Блау накануне аншлюса пришлось покинуть Австрию и перебраться в Норвегию. Защита этой работы в 1940 году обеспечила ей право на преподавательскую деятельность. Вамбахер начала читать лекции в Венском университете.
С 1930-х годов она также работала во Втором физическом институте Венского университета под началом Георга Стеттера[en].
В 1945 году Вамбахер, которая, по её словам, тайно состояла в НСДАП с 1934 года, была уволена из университета и оказалась в Советском Союзе. Домой она вернулась только в 1946 году. У Вамбахер был диагностирован рак, но она продолжала работу в исследовательской лаборатории в Вене.Герта Вамбахер умерла от рака 25 апреля 1950 года.