Родился 15 декабря 1896 года в селе Момина-Клисура (ныне Пазарджикская область Болгарии). Окончил среднюю школу города Пазарджик. Учился с 1919 по 1923 годы в Софийском университете по специальности «славянская филология» , окончил его и работал учителем в местечках Панагюриште, Роман и Самоков.
В Варшаве продолжил обучение по специальности «славянская этнография» в 1925—1927 годах.
С 1927 по 1940 годы Христо Вакарелский работал ассистентом и сотрудником Народного этнографического музея в Софии (ныне Этнографический институт и музей Болгарской академии наук). За время своей работы он организовал крупнейшую болгарскую этнографическую выставку в Хельсинки, состоявшуюся с 24 ноября по 12 декабря 1937 и вызвавшую большой резонанс в финской прессе.
В 1941—1944 годах был директором Народного музея в Скопье, после завершения Второй мировой войны вернулся в Народный этнографический музей Софии и стал его директором. Работал там до 1962 года, основал Болгарское естественно-научное общество и стал его председателем. За свою деятельность в 1965 году он был удостоен премии Гердера.Скончался 25 ноября 1979 года в Софии.