Родился в 1965 году, окончил исторический факультет Чечено-Ингушского госуниверситета в 1989 году.
В 1989—1992 годах работал в Научно-исследовательском институте гуманитарных наук, занимался изучением истории Кавказской войны XIX в. Одновременно участвовал в неформальном движении, являлся одним из организаторов Грозненского социал-демократического клуба.
С 1992 по 1994 гг. был аспирантом в институте российской истории РАН (Москва).
С 1991 года находился в Москве на стажировке в Институте российской истории Российской Академии Наук.
В 1995 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата исторических наук при Институте Российской истории Российской Академии наук в Москве по теме «Чечня в Кавказской войне (1816—1859 гг.)» .
С 1995 года вместе с Асланом Масхадовым, принимал участие в организации предвыборной компании Масхадова, был первым заместителем Председателя избирательного штаба Аслана Масхадова.
В апреле и мае 1997 года возглавлял избирательный штаб кандидата на пост мэра города Грозного Турпал-Али Атгериева.
В феврале 1998 года, после вступления в должность Аслана Масхадова, исполнял обязанности пресс-секретаря президента Ичкерии.
В августе 1997 года участвовал в организации общественно-политического движения «Чеченское исламское государство» (чеч. Нохчий исламан пачхалкх), НИП, стал заместителем председателя НИП председателем движения был на тот момент Турпал-Али Атгериев.
С января 1998 года стал пресс-секретарем президента Ичкерии, первым помощник президента Ичкерии, и руководителем аналитического центра при Президенте Чеченской республики Ичкерия.
В декабре 1998 года был одним из организаторов митинга сторонников Аслана Масхадова, который проходил в городе Грозном, где участники потребовали усилить борьбу против преступников и неконтролируемых вооруженных формирований на территории Чечни. Считался доверенным лицом президента и одним из влиятельных членов команды бригадного генерала Турпал-Али Атгериева.
С июня 1999 года числился Генеральным Представителем ЧРИ в РФ.
В октябре 1999 года он был задержан по подозрению незаконного хранения оружия в Москве и помещен в тюремную камеру в Бутырке.Организация Мемориал и Amnesty International признали М. Вачагаева политическим заключенным.
В июле 2000 года его приговорили к трём годам тюрьмы, но из-за амнистии по поводу празднования 55 летия победы над фашизмом амнистировали.
С июля 2000 года Майрбек Момуевич числился в эмиграции.
В 2002 году он отказался от политической деятельности и сконцентрировался на научных изысканиях .
В 2007 году получил гражданство Франции. Выпустил работы по истории Чечни, по истории ислама и по ситуации на Северном Кавказе. с 2012 года стал соредактором историко-политического журнала Caucasus Survey (UK), редактор интернет журнала Prometheus (Париж, Франция).
С 2011 года стал Президентом центра кавказских исследований.Майрбек Вачагаев передал в архивное управление города Грозного десятки тысяч документов по истории Кавказа. Ранее неизвестные переданные документы имеют огромную ценность, которые сообщают подробности о событиях 1917—1921 годов на Северном Кавказе. При этом у профессора Майрбека было только одно условие — чтобы документы были доступны любому исследователю.
В одном из интервью Вачагаев отметил, что Кадыров не был заинтересован в убийстве Бориса Немцова.