Детство и юность Маргит Карстенсен провела в Киле.
В 1958 году она поступила в Гамбургскую высшую школу музыки и театра.
С 1965 года в театре Hamburger Schauspielhaus, позднее в Theater der Freien Hansestadt Bremen.Во время работы в последнем знакомится с Фасбиндером, под руководством которого играет в спектаклях (Das Kaffeehaus, Bremer Freiheit, Die bitteren Tranen der Petra von Kant) и снимается в кино. За киноверсию пьесы «Горькие слёзы Петры фон Кант» в 1973 году получила Filmband in Gold и звание лучшей актрисы года по мнению немецких критиков. Впоследствии Карстенсен сыграла главные роли в нескольких фильмах Фасбиндера, в том числе Martha, Angst vor der Angst и Chinesisches Roulette. Её последней совместной работой со знаменитым режиссёром стал телесериал по роману Альфреда Дёблина Berlin Alexanderplatz в 1980 году.После смерти Фасбиндера Карстенсен снималась у режиссёров младшего поколения Кристофа Шлингензифа (100 Jahre Adolf - Die letzten Stunden im Fuhrerbunker, Die 120 Tage von Bottrop), Ромуальда Кармакара (Manila) и Оскара Рёлера (Agnes und seine Bruder).
Она не оставляет театральную карьеру.
В 2010 году её можно было увидеть на сцене в Бохуме (Der elfte Gesang) и Берлине (Schmei Dein Ego weg!).