Джон Гёрдон родился 2 октября 1933 года в Великобритании. После обучения в Итонском колледже он поступил в колледж Крайст-Чёрч Оксфордского университета, где вначале изучал антиковедение, но впоследствии переключился на зоологию. Его диссертация на соискание степени PhD была посвящена трансплантации ядер клеток шпорцевых лягушек. Научную деятельность Гёрдон продолжил в Калифорнийском технологическом институте.
В 1962—1971 годах он работал на кафедре зоологии Оксфордского университета.
В 1971—1983 годах Гёрдон работал в Лаборатории молекулярной биологии[en] Кембриджского университета.
С 1983 года по настоящее время он является сотрудником кафедры зоологии Кембриджского университета.
В 1989 году Гёрдон основал в Кембридже институт клеточной биологии и онкологии и до 2001 года занимал должность его руководителя.
В 1991—1995 годах он был членом Наффилдского совета по биоэтике[en].
В 1994—2002 годах Гёрдон являлся магистром колледжа Магдалены Кембриджского университета.