Родился в небольшом швейцарском городе Иттиген в кантоне Берн, в многодетной семье, в которой было шестеро детей. Луи был четвертым ребёнком. Его отец был лавочником.Два года учился в Женевском университете, но покинул его в 1827 году.
В 1828 году поехал в Париж, где поступил в Политехническую школу.
С 1830 года учился в Горный школе Парижа.После путешествия по Германии и Европе, Грюнер в 1834 году поселился в Сент-Этьене, который был тогда одним из важнейших центров Франции по добыче угля. Грюнер провел важные геологоразведочные работы залежей угля в департаменте Луара, результаты которых высветил впоследствии в своей книге «Геолого-минералогическое описание департамента Луара» .
С 1835 до 1847 года преподавал в Высшей горной школе Сен-Этьена (фр. Ecole nationale superieure des mines de Saint-Etienne).
С 1847 года работал инженером горного управления в Пуатье.
В департаменте Крез он провел исследования, подобные тем, что были им сделаны в Луаре.
В 1852 году он вернулся в Сен-Этьен, где был назначен на должность директора горной школы.
Он занимал эту должность до 1858 года.
В 1853 году он описал минерал, который впоследствии был назван в его честь — грюнерит.
С 1858 до 1872 года он работал на кафедре металлургии Горной школы Парижа. Позже Грюнер занимал различные важные должности до отставки в 1879 году.