Пауль Дитрих Гизеке родился 8 декабря 1741 года в Гамбурге. Учился в Гамбургской академической гимназии, в 1764 году поступил в Гёттингенский университет.
В 1767 году он окончил Университет с диссертацией по систематике растений. Затем Пауль Дитрих отправился во Францию, а после — в Швецию.
В Швеции он учился у Карла Линнея, впоследствии назвавшем в его честь род Gisekia. По возвращении в Гамбург Гизеке стал работать врачом.
В декабре 1771 года он был назначен профессором физики и поэзии в Академической гимназии.
С 1784 года Пауль Дитрих работал ассистентом М. Ф. Питискуса в библиотеке Гамбургского университета, после его смерти в 1794 году стал главным библиотекарем. Пауль Дитрих фон Гизеке скоропостижно скончался 26 апреля 1796 года.
В 1798 году Гизеке был посмертно избран почётным членом Леопольдины.Типовые образцы, использованные Гизеке для описания новых видов, хранятся в гербариях Эдинбургского университета (E) и Мельбурнского ботанического сада (MEL).Gisekia pharnacioides — типовой вид рода Gisekia