Альфред Геттнер родился в семье известного дрезденского литературоведа и искусствоведа Германна Геттнера.
В 1882—1884 гг. и 1888—1890 гг. путешествовал по Южной Америке, по возвращении в Германию опубликовал отчеты об этих экспедициях, которые привлекли к молодому ученому внимание научного сообщества. Интересы Геттнера были разнообразны — от геоморфологии и климатологии до социально-экономической географии и картографии.
В 1894—1899 гг. Геттнер был профессором Лейпцигского университета, в 1899—1928 гг. преподавал в Гейдельберге.
В 1895 году им был основан журнал «Geographische Zeitschrift» , главным редактором которого он был на протяжении сорока лет.
В 1920-1931 годах Геттнер возглавлял Гейдельбергское отделение Немецкого колониального общества, организации, занимавшейся изучением вопросов, связанных с германскими колониями.