Родился в Париже в семье германоязычных евреев из Чехии.
До 13-летнего возраста воспитывался в Праге (Чехословакия) в англоязычной школе.
В 1939 году, накануне гитлеровской оккупации Чехословакии, с семьёй эмигрировал в Великобританию. Высшее образование получил в Оксфорде.
В 1944 году, после первого курса, он ушёл добровольцем в Первую чехословацкую отдельную механизованную бригаду и участвовал в осаде Дюнкерка.
В Лондонской школе экономики с 1949 года.
В 1959 вышла в свет его первая книга — «Слова и вещи. Критический анализ лингвистической философии и исследование идеологии» .
В 1961 он становится доктором философии Кембриджского университета, в следующем году — профессором философии, логики и научного метода.
С начала 1960-х активно занимается социальной антропологией и политологией, разрабатывает собственную теорию национализма, получившую отражение в работе «Нации и национализм» (1983). Считая основой общества культуру и организацию, Геллнер определил национализм как «политический принцип, согласно которому культурное сходство есть основа социальных связей» . Национализм, по Геллнеру, продукт индустриального общества, так как необходимыми для его возникновения факторами выступают высокая степень развития культуры, её доступность широким массам населения (что порождает необходимость в культурном единообразии), активное экономическое развитие (как условие социальной мобильности) и порождаемую им необходимость культурной стандартизации. Национализм возникает в государствах с «титульной» нацией, при этом переход к нему для каждого государства индивидуален. Геллнер полагал торжеством национализма принцип самоопределения наций, провозглашенный после Первой мировой войны, и создание национальных государств на территории бывших империй.
В 1993 в Пражском университете по инициативе Геллнера и Дж. Сороса создается Центр по исследованию национализма, который учёный возглавлял до самой смерти.