Изучал классическую филологию в университете Марбурга (1886—1889).
В Мюнхене стал учеником профессора Карла Крумбахера.
В 1894 г. защитил в Мюнхене докторскую диссертацию.
В 1898 и 1899 г. совершил две научные поездки в Италию и Грецию для изучения византийских рукописей.
В 1901 г. получил место доцента средне- и новогреческой филологии в университете Вюрцбурга, где преподавал до 1908 г. в качестве почетного профессора.
В 1910 г. после смерти Карла Крумбахера занял его место в Мюнхенском университете в качестве профессора византинистики и главного редактора «Byzantinische Zeitschrift» . Почетный член Императорской Академии наук в Санкт-Петербурге с 1913 г.А. Гейзенберг — отец физика Вернера Гейзенберга и химика Эрвина Гейзенберга.