Родился во Львове в армянской мещанской семье. Образование получил во львовских школах и Ягеллонском университете в Кракове. Затем учительствовал в Каменке-Струмиловой (ныне г. Каменка-Бугская), был ксёндзом в г. Бережаны. Принял монашество под именем Гават.
С 1628 проживал в с. Вижняны (ныне село Золочевского района Львовской области).
В 1655 году во время осады Львова казацким войском принимал участие в переговорах с Б. Хмельницким.
С 1669 года поселился во Львове.Сыграл большую роль в спасении города во время осады Львова турками в 1672 году. При приближении турок из города бежала большая часть жителей, даже городские консулы, кроме бургомистра, поэта Ю. Зиморовича. Остался и Гаватович, в городе оставались одни бедные и больные. Якуб Гаватович был в то время администратором архидиоцезии (архиепископства) и ревностно занялся освобождением города, отслужил церковную службу, а главное — собирал золото и серебро на выкуп. 1 октября 1672 он добровольно пошeл в турецкий лагерь, чтобы согласовать с турецким командованием величину выкупа. Паша добивался 80 000 дукатов, и эту сумму Гаватович собрал с большим трудом. От себя выдал с костельного добра бочку серебра. Таким образом Львов тогда был спасён.