Дебютировала в кино в 16 лет, снявшись в короткометражке Майка Миллса (Mike Mills) «The Architecture of Reassurance» , отмеченной призом министерства развития, культуры и спорта на Фестивале короткометражных фильмов в Оберхаузене. Работа юной актрисы привлекла внимание режиссёра Ларри Кларка, который предложил Келли одну из ролей в своей картине «Садист» («Bully» ), номинированной на «Золотого льва» Венецианского МКФ. После этого Гарнер сыграла более 30 ролей в кино и на телевидении.Наиболее известна по фильмам — «Садист» (2001), «Крутой и цыпочки» (2005), «Дурная привычка» (2005), «Ларс и настоящая девушка» (2007), «Рога» (2013). Принимала также участие в съемках видеоклипа на песню «Jesus of Suburbia» рок-группы Green Day.