Родился в семье австрийских поданных, революционеров Ореста-Октовиана Мартыновича Габеля и Августины Станиславовны Синькевич, которые после ссылки в Иркутскую губернию были поселены в Харькове, где Орест Габель вскоре вошёл в правление Харьковской публичной библиотеки. Брат Маргариты Орестовны Габель, литературоведа.
В 1914 году окончил Императорский Харьковский университет. Оставлен в альма матер, с 1923 года — в Институте прикладной химии (с 1927 г. — заведующий лабораторией Центральной химической лаборатории Укртабактреста при институте).
В 1930—1935 гг. — декан химического факультета Харьковского ИНО, с 1940 года — заведующий кафедрой органической химии Харьковского медицинского института; одновременно в 1944—1949 гг. — директор Института химии при Харьковском университете, основатель и заведующий первой в СССР кафедрой гетероцикличных соединений.
В 1934 г. получил учёное звание профессора, а в 1940 г. — научную степень доктора химических наук после защиты диссертации по химии производных барбитуровой кислоты.
К этому времени выходит в свет его учебник по химии гетероциклических соединенийСекретарь редакции «Украинского химического журнала» . Читал популярные лекции, работал секретарём редакции Трудов VI Менделеевского съезда.Умер в расцвете своей научной, педагогической и общественной деятельности от тяжёлой неизлечимой болезни. Исследования в области химии производных барбитуровой кислоты, связь их строения с физиологической активностью; сульфонамидных препаратов.Разрабатывал химиотерапевтические препараты, антибиотики.
В 1947 году под руководством Ю. О. Габеля были начаты работы по получению синтетических аналогов пенициллина. Опубликовал большую обзорную статью об антибиотиках, предложил их классификацию.