Фатима Джинна родилась в Карачи 30 июля 1893 года. Её знаменитый брат стал опекуном Фатимы после смерти их отца в 1901 году.
Она поступила в монастырь Бандра в Бомбее в 1902 году.
В 1919 году Фатима продолжила обучение в медицинском университете в Калькутте.
В 1923 году она открыла медицинскую клинику в Бомбее.
В 1947 году Фатима Джинна сформировала Женский комитет по оказанию помощи, который позже составил ядро для Все-пакистанской ассоциации женщин (англ.)русск..
Она также играла значительную роль в урегулировании проблем мухаджиров в новом государстве Пакистан. Жила с братом вплоть до его смерти в 1948 году.
В 1960 году Джинна вернулась на авансцену политической жизни, когда баллотировалась в президенты Пакистана в качестве кандидата от оппозиционной партии.
Она назвала своего соперника в борьбе за президентское кресло — диктатором.
На митинг в знак поддержки Фатимы пришло 250 000 человек в Дакке. Митингующие приветствовали её как мать нации. Джинна проиграла выборы Айюб Хану, при этом завоевав большинство голосов в некоторых провинциях. Выборы президента не соответствовали международным стандартам, по мнению многих историков они были сфальсифицированы в пользу Айюб Хана.Парк им. Фатимы Джинны в ИсламабадеБудучи сестрой Мухаммеда Али она была в почёте и стала символом демократических устремлений народа.
В 1965 году Фатима Джинна вновь решила баллотироваться на пост президента.
Она бросила вызов действующему президенту Айюб Хану в непрямых выборах, оппозиционные партии выбрали Фатиму Джинну в качестве своего кандидата.Выборы прошли 2 января 1965 года.
На должность президента претендовали: Айюб Хан, Фатима Джинна и ещё два политика, не имевших партийной принадлежности. Был короткий период избирательной кампании сроком на один месяц, по итогу Коллегией выборщиков был избран Мухаммед Айюб Хан.Фатима Джинна погибла в Карачи 8 июля 1967 года. Официальной причиной смерти была названа сердечная недостаточность, но ходят слухи, что она была убита той же группировкой, что убила Лиаката Али Хана.
В 2003 году племянник Мухаммеда Али Джинны, Акбар Пирбхай, сделал заявление, что Фатима Джинна была убита.