Владимир Долганов родился в Санкт-Петербурге в 2 июля 1868 года (по другим данным — в 1867 году).
В 1885 году окончил гимназию с серебряной медалью.
В 1890 году с отличием окончил Военно-медицинскую академию. Во время учёбы работал в глазной клинике у профессора В. И. Добровольского, позднее — у Л. Г. Беллярминова.
В 1893 году защитил докторскую диссертацию на тему «О влиянии местно применяемых веществ на диффузию в переднюю камеру глаза» .
С 1893 года — ассистент кафедры офтальмологии Военно-медицинской академии.
В 1896 году командирован за границу для повышения квалификации. Работал в клиниках Берлина, Мюнхена, Гейдельберга, Парижа. После возвращения в Россию получил должность приват-доцента и продолжил работу на кафедре офтальмологии.
В 1904 году избран заведующим кафедрой офтальмологии Императорского клинического института Великой княгини Елены Павловны. При нём была создана клиническая база кафедры, установлено новое оборудование.
С 1910 по 1920 год он четыре раза избирался ректором института.
В этот период количество кафедр института возросло с 7 до 23, была увеличена площадь клинических баз. Долганов заведовал кафедрой офтальмологии до 1925 года.
С 1925 года и до конца жизни руководил кафедрой глазных болезней Военно-медицинской академии.Специалист в области военной офтальмологии, физиологической оптики, лечения поражения глаз боевыми отравляющими веществами. Автор около 100 научных работ. Под его научным руководством было подготовлено 30 кандидатов и докторов медицинских наук.Скончался в конце 1941 года в блокадном Ленинграде. Похоронен на Богословском кладбище (участок 33).