В 1964—1969 годах учился на историческом факультете Ташкентского государственного университета имени В. И. Ленина, по окончании работал этнографом в Хакасском краеведческом музее г. Абакана.
С 1970 по 1972 год служил в рядах Советской Армии в должности командира мотострелкового взвода (г. Иман Приморского края).
С 1972 по 1992 год работал в Хакасском научно-исследовательском институте языка, литературы и истории в Абакане в качестве старшего научного сотрудника в секторе истории. Одним из значимых общественных вкладов, сделанных Виктором Яковлевичем в это время, явилось возрождение национального праздника «Тун пайрам» . Впервые в Хакасии он был проведён в 1980 году на основе сценария, написанного В. Я. Бутанаевым. Принимал активное участие в разработке первого государственного герба Республики Хакасия.
В 1983 году защитил диссертацию «Социально-экономическое развитие хакасского аала в конце XIX-начале XX в.» на соискание ученой степени кандидата исторических наук при учёном совете Института истории, филологии и философии СО АН СССР.
В 1991—1994 годах работал этнографом в секторе фольклора Института филологии СО РАН (г. Новосибирск).
В 1993 году защитил диссертацию «Этническая культура хакасов и проблемы реконструкции основных этапов их исторического развития» , на соискание ученой степени доктора исторических наук при ученом совете Института археологии и этнографии СО РАН.11 февраля 1993 года совместным решением Президиума Верховного Совета Республики Хакасия и Президиума Совета Министров РХ была создана Лаборатория этнографии при Научно-исследовательской части Хакасского государственного университета им. Н. Ф. Катанова, руководителем которой стал В. Я. Бутанаев.
С 1994 по 2011 год заведовал кафедрой археологии, этнографии и исторического краеведения в Хакасском государственном университете им. Н. Ф. Катанова.
В 1994 году была проведена этнографическая экспедиция в Северо-Западную Монголию.
В результате экспедиции были выявлены этнокультурные связи тюрков Саяно-Алтая с западными монголами-ойратами; изучены тувинцы Баян-Ульгейского аймака, живущие на границе с Китаем; совершена поездка на берега озера Кыргыз-Нур, являющейся прародиной предков хакасов-кыргызов.
В 1994 и 1995 годах В. Я. Бутанаев участвовал в работе международного курултая тюркских народов, проходившего в г. Измире (Турция).
С 6 января 1994 года — действительный член Российской Академии социальных наук.
В 1995 году был избран почётным членом Общества Историков Кыргызстана (бывшей Ассоциации молодых историков Кыргызстана).
С 1998 года профессор В. Я. Бутанаев является членом президиума международной Ассоциации тюркологов (г. Туркестан).
С 2000 года является членом редакционной коллегии журналов «Blg» и «Тюркология» Международного Казахско-Турецкого Университета им. Х. А. Ясави (Турция, Казахстан).
С 2002 года — член диссертационного совета при Томском государственном университете по присуждению учёных степеней докторов и кандидатов наук по этнографии и истории науки (исторические дисциплины).
С 2009 года — член редколлегии журнала «Алтаистика и тюркология» Международного центра алтаистики и тюркологии Казахстана.
На первом Сибирском региональном конкурсе на лучшую вузовскую книгу «Университетская книга-2009» награждён дипломами: за книгу "Очерки истории Хакасии (с древнейших времен и до современности) в номинации «Лучшее издание по истории и культуре Сибири» , за книгу «Мир хонгорского (хакасского) фольклора» (в соавторстве с И. И. Бутанаевой) в номинации «Лучшее научное издание по гуманитарным и социальным наукам» .Профессором Виктором Яковлевичем Бутанаевым создана своя научная школа саяно-алтайской этнографии. Под его руководством работает группа аспирантов и молодых ученых, изучающих этническую историю, народную культуру, традиционное хозяйство, обычное право, религию, музыкальную культуру и этнопедагогику народов Южной Сибири.Учебные пособия, справочные издания, монографии В. Я. Бутанаева используются при изучении истории Хакасии, этнологии, истории тюрко-монгольских народов, традиционной культуры и быта хакасов и других дисциплин.