Родился в Серпуховском уезде Московской губернии, по происхождению из крестьян. Окончил Серпуховскую гимназию, после чего прослушал курс физики и математики в Московском университете, но государственные экзамены не сдавал. Работал частным учителем и по найму на железной дороге.
С 1903 года участвовал в революционном движении, был секретарём-организатором революционной группы в Серпухове.
В 1903—1904 годах в Серпухове был под гласным надзором полиции.
С 1905 года член РСДРП(б), принят серпуховской партийной организацией. Арестован, по непроверенным данным некоторый срок находился в заключении в Шлиссельбургской крепости. Сослан в Вологду.
На партийной работе в Вологодской химической школе и в Хамовническом районе.
В 1909 году из вологодской ссылки бежал за границу.
В 1909—1911 годах жил Женеве (Швейцария). Вернулся в Россию для отбытия воинской повинности, которую в 1912—1913 годах отбывал под надзором полиции. После мобилизации в 1914 году вплоть до 1916 года служил в полку в Серпухове.
В 1917 году в чине прапорщика воевал на Румынском фронте.Во время Февральской революции председатель 134-го полка Румынского фронта (4-й и 6-й армии), член комитета 6-го корпуса; член комитета, затем секретарь партийной организации 6-й армии, Позднее один из организаторов и член от РСДРП(б) в Серпуховском совете рабочих депутатов, один из руководителей Серпуховской большевицкой организации. Прапорщик запаса. Начальник «малого» штаба во время Московского вооруженного восстания.После октября 1917 — комиссар штаба Московского военного округа, помощник командующего (Н. И. Муралова). Коммунисты Шерин и Романов в своём Докладе в Московский комитете РКП(б) сообщали, что Муралов, Аросев и Бурдуков с 7 по 15 августа 1918 года во время регистрации бывших офицеров в бывшем Алексеевском училище проявили «иногда прямо преступное отношение к делу» .
В частности: «Вмешивался в порядок освобождения также и тов. Бурдуков, хотя это его не касалось совершенно.
Он же давал пропуска на свидания с офицерами, хотя это должен был делать лишь комендант училища» .
С июня 1919 по декабрь 1920 года — Командующий войсками Московского военного округа, член Комитета обороны Москвы. 27 января 1920 года Ленин обращался к Бурдукову в связи с необходимостью организации разгрузки картофеля на Московском железно-дорожном узле и очистки от снега московских улиц силами красноармейцев.Заведующий хозяйственной частью МОНО (апрель 1921), зам. зав. отделом народного образования Московского совета.Член коллегии Наркомата социального обеспечения.
С 1925 — работал в Госплане СССР, являлся председателем культ-секции Госплана.1927—1928 — директор Большого театра, при нём заместителем директора по художественной части был В. А. Лосский. Пришёл на смену Г. А. Колоскову, который возглавлял Большой театр в 1925—1926 годах, и подал заявление об уходе после конфликта с труппой театра.Ректор Высших торгово-банковских курсов.
С декабря 1932 по 1936 — директор Тимирязевской Сельскохозяйственной академии.Редактор журнала «Вестник сельскохозяйственной литературы» .
С 1930 года член Московского отделения Всесоюзного общества старых большевиков (членский билет № 820).Якобы был репрессирован одновременно с Н. И. Мураловым.Скончался в 1940 году, похоронен в Москве на Ново-Девичьем кладбище (4-участок, 28 ряд, 6 место.