Эрнст Бреннер изучал право в университетах Базеля, Мюнхена и Лейпцига. После получения диплома с 1879 по 1884 год работал в юридической фирме своего дяди.
В 1881 году избран в Большой совет полукантона Базель-Штадт.
В 1884 году, когда ему было 27 лет, вошёл в правительство Базель-Штадта, где возглавлял департаменты юстиции (1884—1896) и образования (1896—1897).
В качестве начальника департамента юстиции, он полностью реорганизовал Базельскую судебную систему (1885).
Он был также главой кантонального правительства в 1887—1888 и 1894—1895 годах.
В 1887 году Бреннер избран в Национальный совет.
В 1896 году стал председателем Радикально-демократической партии.4 июня 1894 — 4 июня 1895 — президент Национального совета парламента Швейцарии.25 марта 1897 — 11 марта 1911 — член Федерального совета Швейцарии.1897 — 31 декабря 1900 — начальник департамента (министр) юстиции и полиции.1 января — 31 декабря 1900 — вице-президент Швейцарии.1 января — 31 декабря 1901 — президент Швейцарии, начальник политического департамента.1 января 1902 — 31 декабря 1907 — начальник департамента юстиции и полиции.1 января — 31 декабря 1907 — вице-президент Швейцарии.1 января — 31 декабря 1908 — президент Швейцарии, начальник политического департамента.1 января 1908 — 11 марта 1911 — начальник департамента юстиции и полиции.Зимой 1911 года Бреннер лечился на Лазурном Берегу от сахарного диабета и болезни почек. Там же и умер 11 марта от инсульта.