Родился в городе Фредерик, штат Мэриленд, вырос в Сент-Луисе, где с пяти лет постигал азы игры на трубе. Большую роль в становлении Лестера как джазового композитора сыграл его отец, профессиональный музыкант.
Он быстро освоил инструмент, и свои первые профессиональные шаги совершал вместе с известными музыкантами, такими как Литл Мильтон, Альберт Кинг, Соломон Берк, Руфус Томас и Фонтелла Басс, мужем которой стал в 1965 году.
В 1966 Лестер Боуи переехал в Чикаго, где работал как студийный музыкант. Там он стал сотрудничать с Ричардом Абрамсом и Роско Митчеллом, стал членом Ассоциации содействия развитию творческих музыкантов (AACM) (англ.)русск..
В 1968 году с его подачи образовался коллектив «Art Ensemble of Chicago» , членом которой Лестер Боуи оставался на протяжении всей своей жизни, при этом он также играл в ансамбле Джека Дежонетта.Лестер Боуи много путешествовал, жил то на Ямайке, то в африканских странах, где играл и записывался с Кути, то в Европе.
В 1984 году он сформировал нонет «Lester Bowie"s Brass Fantasy» (четыре трубы, два тромбона, валторна, туба и ударные), исполнявший менее экспрессивную музыку, чем «Art Ensemble of Chicago» , на грани поп-музыки и джаза, в том числе версии песен Уитни Хьюстон, Майкла Джексона, Фрэнка Синатры, Джеймса Брауна, Мэрилина Мэнсона, и группы Spice Girls. Позже, состав коллектива увеличился до десяти человек.
В 1990 году Лестер Боуи побывал в Москве в качестве трубача группы «The Leaders» .
В её составе участвовали Чико Фримен, Артур Блайт и другие известные джазовые музыканты.Лестер Боуи сыграл большую роль в модернизации джаза, его музыку причисляют к авангардному течению, в ней есть много от регги и ска, и, в то же время, много от классического звучания. Его считали и считают «бунтарем» джазового искусства, стремившегося находить всегда и везде новые возможности игры, экспериментировать. Часто выступления Лестера Боуи носили яркий и эпатажный характер (Лестер Боуи обладал хорошим чувством юмора и был склонен к пародированию[неавторитетный источник]), он мог выйти на сцену в сверкающем костюме или в белом халате, которые, собственно, были отличительной чертой его сценического амплуа (изначально халат, в котором играл Боуи, был белым, но впоследствии композитор «модернизировал» его, добавив множество блёсток, сверкающих в лучах прожекторов).Лестер Боуи в «фирменном» халате с блесткамиУмер композитор в 1999 году от рака.
В 2000 он был введен в Зал славы журнала «Down Beat» , (в 1978 году Боуи занял верхнюю строчку в анкете популярности журнала), а в 2001 «Art Ensemble of Chicago» , ансамбль, созданный музыкантом, записал альбом «Tribute to Lester» в честь основателя и вдохновителя коллектива.
В разные годы Лестер Боуи сотрудничал с такими музыкантами и музыкальными группами: Арчи Шепп, Джек Дежонетт, Фела Кути, Дэвид Боуи, Джеймс Картер, Baden-Baden Free Jazz Orchestra, Milosc, Sun Ra.