Родом из семьи чиновника, Боннар сначала изучал юриспруденцию в Сорбонне, а затем учился в Академии Жюлиана в Париже, затем в Школе изящных искусств, где в 1888 г. образовалась группа «Наби» , в которую вошли Рансон, Дени, Серюзье, Вюйар, Руссель, а позднее к ним присоединился Валлотон. Под влиянием Гогена и искусства японской гравюры художники локализовали цвет, делали свою живопись более плоскостной. Однако самое сильное влияние японской гравюры видно в работах именно Боннара, которого даже называли «японствующим Наби» .Пьер Боннар был хорошо знаком с Амбруазом Волларом и запечатлел его на нескольких своих портретах. Боннар выставлял свои работы на «Салоне независимых» и познакомился с Тулуз-Лотреком.
В 1905 г. вместе с Эдуаром Вюйаром отправился в поездку по Испании, за которой последовали путешествия в Бельгию, Голландию, Англию, Италию, Алжир, Тунис и южную Францию.
В 1925 г. Боннар приобрёл дом на Лазурном берегу, в Ле-Канне. Художник пережил немецкую оккупацию Парижа и в 1946 году устроил ретроспективную выставку своих произведений. Умер Боннар в Ле-Канне 27 января 1947 года.