Родился 5 июля 1805 года в Лондоне. Единственный сын Жерома Бонапарта (1784—1860), будущего короля Вестфалии, от первого брака с Элизабет Патерсон (1785—1879), дочерью богатого балтиморского коммерсанта Уильяма Патерсона (1752—1835). Воспитывался матерью в духе католицизма.Несмотря на рождение в Лондоне, Жером вместе со своей богатой матерью проживал в США.
В 1805 году по требованию французского императора Наполеона Жером Бонапарт вынужден был развестись со своей первой супругой. После развода родителей Жером был лишен права во Франции носить фамилию «Бонапарт» , впоследствии его решение было отменено его двоюродным братом, Наполеоном III.Жером Наполеон Бонапарт закончил колледж Маунт-Сент-Мэри (сейчас — университет Маунт-Сент-Мэри) в 1817 году, затем получил диплом юриста в Гарварде, но никогда не занимался юридической практикой.
Он был одним из основателей и первым президентом Мэриленд-клуба.
В возрасте 14 лет Жером Наполеон Бонапарт переехал в Европу, где прожил несколько лет.
В Италии он встретился с членами семьи Наполеона, жившими там после реставрации Бурбонов. Некоторое время даже стоял вопрос о его браке с принцессой Шарлоттой (1802—1839), младшей дочерью Жозефа Бонапарта.
В 1823 году он вернулся в США и поступил в Гарвардский университет, который закончил в 1826 году.
В том же году Жером вторично совершил поездку в Италию, где встречался со своим отцом, с которым до этого он находился в переписке.
В 1827 году Жером Бонапарт вернулся в США.
В правление короля Луи-Филиппа Жером Бонапарт получил разрешение на посещение Франции, но только под именем Патерсона, что он и сделал в 1839 году.
В 1854 году по приглашению вступившего на престол Наполеона III Жером Бонапарт и его старший сын посетили Францию.
В июне они прибыли в Париж, где во дворце Сен-Клу были приняты самим императором. Наполеон III восстановил право Жерома и его потомков на использование имени Бонапарт (но его потомки были лишены прав на наследование французского императорского престола).17 июня 1870 года Жером Наполеон Бонапарт скончался от рака горла в Балтиморе.