Выходец из семьи еврейских иммигрантов.
В 12 лет бросил школу, систематического художественного образования тоже не получил. Фигуративной живописью начал заниматься самостоятельно в 1958; в 1967 порвал с этой формой, предпочтя ей инсталляции, театр марионеток и теней с активным использованием старых фотографий, одежды, «найденных вещей» . Именно такие произведения, вместе с короткометражным фильмом «Невозможная жизнь Кристиана Болтанского» , он представил на первой персональной выставке в парижском театре Ранелаг в 1968 году.
В 1969 появился его первый альбом «Исследование и представление всего, что осталось от моего детства» .
В 1972 Болтанский впервые участвовал в Международной выставке documenta в Касселе, секция «Индивидуальные мифологии» ; с тех пор он её постоянный участник, как и венецианской Биеннале.
В 1984 году в Государственном музее современного искусства в Париже состоялась большая ретроспективная экспозиция Болтанского.Старший брат — социолог Люк Болтанский (род. 1940), жена — художница Аннет Мессаже.