Сергей Боботов родился в деревне Кошерово Бронницкого уезда Московской губернии, в 1952 году закончил Московский государственный институт международных отношений.
В 1964 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Французская уголовная юстиция Пятой республики» , научным руководителем Боботова был член-корреспондент Академии наук СССР Михаил Соломонович Строгович.
В том же году поступил на работу в Всесоюзный научно-исследовательский институт советского законодательства.
В 1967 году перешел на работу в Институт государства и права Академии наук СССР.Под руководством Сергея Васильевича Боботова подготовил кандидатскую диссертацию доктор юридических наук, профессор, ректор Российского государственного университета правосудия Валентин Валентинович Ершов.
С 1998 года работал в Российской академии правосудия, где в 1979 году защитил докторскую диссертацию на тему «Социальный механизм буржуазной уголовной юстиции» .Сергей Васильевич Боботов умер 4 января 2001 года.