Эмили родилась 8 октября 1826 года в Бристоле.
В 1832 году её семья эмигрировала в США, а в 1837 году поселилась рядом с Цинциннати в Огайо. Вдохновившись примером своей старшей сестры Элизабет, Эмили учила медицину и получила свою степень в 1854 году.
В 1857 году сёстры Блэкуэлл и Мария Закревска основали New York Infirmary for Indigent Women and Children.
С самого начала Эмили была ответственна за управление госпиталем и большую часть поступающих пожертвований.
Она управляла госпиталем сорок лет, контролируя операции, ухаживала за больными и ведя бухгалтерский учёт. Блэкуэлл ездила в Олбани, чтобы убедить законодателей обеспечить больницу за счёт фондов, что обеспечило бы долгосрочную финансовую стабильность.
Она превратила институт, размещавшийся в арендованном, шестнадцатикомнатном доме, в полноценную больницу.
К 1874 году эта больница обслуживала более 7000 пациентов в год.Во время Гражданской войны в США сёстры помогли организовать женскую Центральную ассоциацию помощи, которая подбирала и обучала медсестёр для военной службы. Эмили и Элизабет Блэкуэлл и Мэри Ливермор также играли важную роль в развитии санитарной комиссии США.После войны, в 1868 году, сёстры создали женский медицинский колледж в Нью-Йорке. Эмили стала профессором акушерства, а в 1869 году, когда Елизавета переехала в Лондон, чтобы помочь организовать Лондонскую школу медицины для женщин, стала деканом колледжа.
В 1876 году институт стал трёхлетним, а в 1893 он стал четырёхлетним колледжем.
К 1899 году в колледже обучалось 364 врача-женщины.
С 1883 года Эмили жила со своим партнёром Элизабет Кушир, которая также работала врачом в больнице. Они ушли на пенсию в начале XX века. После поездки за границу на год-полтора, они провели следующую зиму в их доме в Монтклер, штат Нью-Джерси, а летом в штате Мэн. Блэквелл умерла 7 сентября 1910 года в Йорк Клиффс, штат Мэн, через несколько месяцев после смерти её сестры Элизабет в Англии.Примечания Faderman, Lillian. To Believe in Women. — Mariner Books, 2000. — P. 6, 289–290. — ISBN 978-0-618-05697-2. Faderman (2000), p. 289 Dr. Emily Blackwell Dead, The New York Times (September 9, 1910). Проверено 21 июня 2007. «One of Founders of First Women"s Hospital In America.» .