Родился 16 (28 января) 1875 года в городе Ростов-на-Дону.Учился живописи и рисунку в Лондоне (1894—1899), Мюнхене, Париже (1899—1901), посещал Италию.
В 1901—1903 учился в ИАХ в Санкт-Петербурге у И. Репина.Участвовал в выставках с 1902 года, писал портреты, жанровые картины.
В дальнейшем занимался преимущественно педагогической деятельностью.
В 1907—1916 годах преподавал в Петербурге в организованной им частной художественной школе. Был женат на художнице Екатерине Ивановне Туровой, входившей в 1918—1919 годах в артель художников «Сегодня» .
В 1916—1924 годах преподавал в художественной школе в Житомире, в 1924—1932 годах в Художественном институте в Киеве.
В 1932—1948 годах преподавал рисунок в ЛИЖСА имени И. Е. Репина в Ленинграде. Автор ряда статей и учебных материалов по методике рисунка, а также книги «Проблемы учебного рисунка» .
В 1948—1950 преподавал также в ЛВХПУ.
В 1930—1940 годы внёс большой вклад в становление системы художественного образования и подготовку художественных кадров высшей квалификации.
В Великую Отечественную войну сын М. Д. Бернштейна Сандро ушёл на фронт солдатом и пропал без вести.Скончался 9 мая 1960 года в Ленинграде.