Бернардина Кристиана София родилась в семье герцога Эрнста Августа I Саксен-Веймар-Эйзенахского и его первой супруги Элеоноры Вильгельмины Ангальт-Кётенской, дочери князя Эмануэля Лебрехта Ангальт-Кётенского.19 ноября 1744 года в Эйзенахе Бернардина вышла замуж за князя Шварцбург-Рудольштадта Иоганна Фридриха I.
В Рудольштадте Бернардина Кристиана София занималась благотворительностью и в частности выкупила в 1756 году ремесленное подворье, чтобы основать в нём монастырь для женщин дворянского происхождения. Княгиня умерла в 33 года, не дожив до торжественного открытия монастыря. Её супруг тяжело перенёс утрату и больше никогда не женился.