Джон Беркенхаут посещал школу грамоты в Лидсе, служил в прусской и английской армиях, прежде чем смог окончить учёбу в университетах Эдинбурга и Лейдена.
Он получил в 1765 году учёную степень по медицине.
В Эдинбурге он опубликовал труд «Clavis Anglicat Linguae» и другие работы по естествознанию. Во время войны за независимость США он служил в качестве британского агента.
В своих произведениях он, а не Карл Линней, первым описал в 1769 году серую крысу.
Он дал ей название Mus norvegicus (норвежская мышь).
В 1821 году Джон Грей выделил её вместе с чёрной крысой (описанной Линнеем как Mus rattus) в новый род Rattus.