Гюнтер Бениш вырос в Дрездене.
В 1934 году его семья переехала в Хемниц. Ещё не достигший 18-летия Гюнтер был призван на службу в вермахт в 1939 году. Во время Второй мировой войны Бениш командовал подводной лодкой U-2337 и с окончанием войны попал в плен к британцам.Вернувшись из Англии в 1947 году, Бениш поступил в Высшую техническую школу Штутгарта, где в 1947-1951 годах изучал архитектуру. По окончании учёбы в 1951—1952 годах работал в архитектурном бюро Рольфа Гутброда в Штутгарте.
В 1952 году Бениш открыл в Штутгарте собственное архитектурное бюро вместе с Бруно Ламбартом.
В 1966 году была основана архитектурная группа Behnisch & Partner.
В 1989 году сын Гюнтера Бениша Штефан открыл филиал в Штутгарте, вскоре в 1991 году ставший самостоятельным бюро Behnisch Architekten.
В 1967—1987 годах Г. Бениш преподавал в Техническом университете Дармштадта и возглавлял одновременно местный институт стандартов.
В 1982 году Бениш был принят в члены Берлинской академии художеств, а в 1984 году получил звание почётного доктора Штутгартского университета.
В 1996 году Бениш стал членом-соучредителем Саксонской академии художеств, где до 2000 года вёл класс архитектуры.Гюнтер Бениш умер после продолжительной болезни в возрасте 88 лет в Штутгарте.