В 1978 году окончил Киргизский государственный университет.
В 1978—1979 годы работал корреспондентом Гостелерадио Киргизской ССР, в 1980—1993 — в Институте философии и права AH Kиргизии (младший научный сотрудник, аспирант, старший научный сотрудник, учёный секретарь, докторант); в 1981—1983 годы стажировался в отделе философии АН Таджикской ССР.
В последующие годы преподавал в Киргизском национальном, Бишкекском гуманитарном университетах (преподаватель, доцент, профессор), был первым проректором, проректором по учебной работе БГУ им. К.Карасаева (1994—2002).
С июня 2005 по 2010 год — ректор Кыргызского государственного университета имени И.Арабаева[ky], одновременно входил в состав Национальной комиссии Кыргызской Республики по делам ЮНЕСКО (заместитель председателя комиссии по науке, 2006—2010).
С 30 декабря 2010 по 17 июля 2012 работал в аппарате правительства Киргизии: заведующий отделом образования и культуры, заместитель заведующего отделом — заведующий сектором образования и науки отдела социального и гуманитарного развития.
В последующие годы — советник по ОНиИП Председателя Федерации Профсоюзов КР, ректор Академии труда и социальных отношений при Федерации профсоюзов Кыргызстана.Является одним из учредителей Института международного бизнеса (Бишкек).Председатель Ассоциации вузов Кыргызстана; председатель Комиссии по образованию, науке, культуре и информационной политике Общественной палаты Киргизии. Член Президиума республиканского Экологического движения «Табият» .Почётный президент Центрально-Азиатской федерации прикладных видов спорта, почётный обладатель чёрного пояса по карате (5 Дан). Руководил проектами: Демократизация и гуманитаризация высшей школы (Корпус мира, 1998),Демократический кодекс Кыргызстана (администрация Президента Киргизии, 2003—2004),Кризисная ситуация и антикризисные возможности образовательной системы современного Кыргызстана (департамент науки Министерства образования и науки, 2006—2008),Развитие детей раннего возраста на уровне общин (администрация Президента, 2007),Ответственное управление, гражданское образование и участие граждан в развитии демократического общества (Легаси Интернешнл, США, 2007),Экологическое образование населения Кыргызстана (комитет лесного хозяйства Киргизии, 2008—2010),Научно-практические основы реализации профильного обучения старшей ступени школьного образования Кыргызской Республики (департамент науки Министерства образования и науки, 2008—2010).Выступает с докладами на международных конференциях.Член специализированных советов по защите докторских диссертаций при ИФиП НАН КР и КРсУ, при КазНУ им. Аль-Фараби (Алма-Ата). Председатель Экспертного совета НАК КР по философии, политологии, социологии, культурологии и искусствоведению.Главный редактор научно-познавательного журнала «Академиялык Альманах» , «Вестника КГУ им. И. Арабаева» ; заместитель главного редактора информационно-аналитического бюллетеня «Саясат. Политика. Politics» ; член редакционного совета журнала «Высшее образование Кыргызской Республики» .Подготовил 18 кандидатов и 2 докторов наук.Почётный профессор университета Сока (Япония, 2008), университета Шыхыдзы (КНР, 2008). Член Международного общества антиковедов (Москва).Автор более 150 научных и научно-популярных статей и 15 монографий (10 — в соавторстве), 12 учебно-методических работ; более 100 теле- и радиопередач.Избранные трудыОсновной источник: Электронные каталоги РНББекбоев А. А. Категории необходимости и случайности в восточном перипатетизме : Автореф. дис. … канд. филос. наук. — Алма-Ата, 1986. — 20 с.Бекбоев А. А. Концепция необходимости и случайности в учении античных и восточных мыслителей. — Фрунзе : Илим, 1989. — 129+2 с. — 650 экз.