Флоренция родилась 8 августа 1863 года. У нее было два брата и сестра, младшим из братьев был Клинтон Харт Мерриам.
На изучение естественных наук и астрономии Флоренцию и ее брата Харта вдохновили родители и их тетя, Хелен Баг. Благодаря этому они с братом с раннего возраста увлеклись орнитологией. Ее отец, который интересовался научными вопросами, вел переписку с натуралистом Джоном Мьюром, а также Эрнест Сетон-Томпсон был другом семьи Мерриам.Здоровье Флоренции с раннего детства было слабым.
Но не смотря на частые болезни, она посещала частную школу и готовилась к поступлению в колледж.
В 1882 она поступила в Колледж Смит но как «особая студентка» , и по окончании получила сертификат об образовании, но не степень. Ученую степень была дана ей намного позже, в 1921 году. Бейли также шесть посещала курсы Стэнфордского университета зимой 1893-1894.